酶解片断一级质谱PMF肽指纹图谱串联质谱检索序列数据库成功鉴定PSMs及后筛选De-novo序列分析未知蛋白上海博苑生物科技有限公司采用含乙腈的脱色液脱色至胶块变为白色真空干燥仪中冷冻干燥蛋白质组学级胰蛋白酶酶解过夜采用含TFA和乙腈的溶液溶进行肽提取真空干燥采用含TFA和乙腈的溶液溶解样品并点样进行质谱测试上海博苑生物科技有限公司质谱仪先用MS反射模式得到一级图谱一级质谱激光总shots:800次选择5-10个母离子做MS/MS分析二级MS/MS激光总shots:2000次，碰撞能量1KV,CID上海博苑生物科技有限公司采用GPSExplore(V3.6，ABI)软件进行分析使用MASCOT（V2.1,MatrixScience,London,U.K）搜库软件对本地数据库进行检索检索数据库为NCBInr，切割的酶为trypsin，允许最大的未被酶切位点数为1,可变修饰为半胱氨酸乙酰胺化和甲硫氨酸氧化，没有固定修饰，母离子质量容差为50ppm，片段离子质量容差为0.25Da上海博苑生物科技有限公司（PeptideMassFingerprinting）是根据一级质谱（MS）所测酶解片段的精确分子质量鉴定蛋白质的一种方法一般采用MALDI-TOF进行鉴定。

因为MALDI质谱图中的离子一般只带一个电荷，比较容易计算其原理就是利用了蛋白序列数据库中的多肽质量的信息与实际测得的质量信息进行对比而实现鉴定上海博苑生物科技有限公司优点：是用一级质谱鉴定蛋白质的经典方法，算法简单，速度快缺点：无法实现混合蛋白的鉴定上海博苑生物科技有限公司质谱仪选择一级质谱中的一个峰，让这些峰所代表的离子高速撞击质谱仪中的惰性气体，使其肽键断裂，并对库搜索鉴定蛋白质常用MALDI-TOF／TOF仪器进行上海博苑生物科技有限公司优点：可以实现多个蛋白的鉴定缺点：算法更复杂，而且需要更多的操作经验上海博苑生物科技有限公司串联质谱结果从一级质谱图里选出部分峰做二上海博苑生物科技有限公司蛋白点编号蛋白名称蛋白GI号串联质谱匹配的序列理论等电点理论分子量串联质谱离子得分可信度串联质谱结果——报告单蛋白得分上海博苑生物科技有限公司一般以proteinscoreC.I.%大于95或者单个肽段的TotalIonC.I.%大于95作为蛋白成功的标准对于一个样品点鉴定得到多个成功鉴定的结果，以蛋白得分（proteinscore）最高的最为可信一般而言，多个成功鉴定的不同蛋白之间相似性也是非常高的，也可以通过这个特点来判定结果的可靠性上海博苑生物科技有限公司使用该蛋白的GI号码可以到NCBI数据库进一步查询该蛋白的信息对于未知蛋白，可以采用BLAST或者其它功能预测软件预测该蛋白的功能上海博苑生物科技有限公司上海博苑生物科技有限公司